Program Studi PGMI adalah salah satu Program Studi Unggul di Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan yang telah berdiri sejak tanggal 10 Juli 2007 berdasarkan SK Nomor Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor Dj.I/257/2007 Tanggal 10 Juli 2007.

Lulusan Program Studi PGMI telah telah tersebar luas di berbagai lembaga pendidikan di Indonesia, seperti Jawa Tengah, Jawa Timur, Jawa Barat, Sumatera, Kalimantan, dan Sulawesi. Selain sukses menjadi guru Madrasah Ibtidaiyah dan Sekolah Dasar, alumni Program Studi PGMI UIN Walisongo Semarang juga sukses diterima sebagai dosen di beberapa perguruan tinggi di Indonesia, seperti Universitas Negeri Surabaya, UIN Walisongo Semarang, UIN Kudus, Universitas Islam Lamongan, UNWAHASY, INISNU Temanggung, dan lainnya.

Adapun Ketua dan Sekretaris yang pernah memimpin Program Studi PGMI adalah sebagai berikut.

  1. Periode 2007-2011: Dr. Ridwan, M.Ag., – Prof. Dr. Syamsul Maarif, M.Ag.
  2. Periode 2011-2015: Dr. Fakrurroji, M.Ag. – Kristi Liani Purwanti, S.Si., M.Pd.
  3. Periode 2015-2019: Dr. Fakrurroji, M.Ag. – Kristi Liani Purwanti, S.Si., M.Pd.
  4. Periode 2019-2023: Zulaikhah, M.Ag., M.Pd. – Kristi Liani Purwanti, S.Si., M.Pd.
  5. Periode 2024-2026: Kristi Liani Purwanti, S.Si., M.Pd. – Dr. Hamdan Husein Batubara, M.Pd.I.
  6. Periode 2026-2030: Dr. Hamdan Husein Batubara, M.Pd.I. – Nor Hadi, M.Pd.I.